税务学院的前身是1958年设立的财政金融专业。学校1992年划归国家税务总局时成立了税务系，2010年学校更名为吉林财经大学，应国家税务总局要求税务系更名为税务学院，目前是全国唯一一个以“税务”命名的专业学院，2023年学院获批吉林省首批专业特色学院。作为吉林省人民政府和国家税务总局共建院校的重要支点，税务学院为税务事业培养了近6000名本科生和2000名硕士生，在税务系统拥有“长春税院”金字招牌，被誉为“税务黄埔军校”。